現在の日本かつお・まぐろ漁業協同組合（日かつ漁協）は平成１４年３月設立のジャパンツナ漁業協同組合を平成１８年３月改組・改称して今日に至っています。

前身の全国組織は、昭和２５年設立の日本鰹鮪漁業協同組合連合会（日かつ連）であり、漁業者が地区別に専業漁協（鰹鮪漁協）に所属し、専業漁協が会員となって全国連合会を組織していました。

平成１８年３月、組織・事業を再編し、連合会と地区別専業漁協を解散し、全国を対象地域とする本邦初の専業漁協として再出発しました。
同時に経済事業を漁協事業から分離し、子会社の日かつ協同で行う体制としました。

前身の日かつ連時代と同様に、日かつ漁協は、水産業協同組合法に基づく組織で、農林水産大臣の認可を受けて設立され、農林水産大臣から漁業許可を受けた全国の遠洋かつお・まぐろ漁業者が直接出資して組合員となる全国組織として活動しています。